La tâche première de l'association est de recenser, puis d'évaluer, en leur accordant un label, les grandes collections végétales françaises à vocation botanique ou horticole. Pour ce faire, elle dispose de deux niveaux de reconnaissance:
- "Collection nationale CCVS (CN)" : il s'agit d'une collection d'intérêt national qui a satisfait à des critères d'excellence lors de son évaluation. Elle doit notamment, par sa composition, être largement représentative du thème choisi.
- "Collection agréée CCVS (CA)" : collection qui doit encore s'enrichir par rapport au thème choisi, ou dont certains éléments relatifs à son mode de culture, sa gestion ou sa pérennité sont encore insuffisants pour obtenir le label "Collection nationale CCVS".
Une cérémonie de remise des diplômes est organisée tous les deux ans à la Société nationale d'horticulture de France (SNHF), avec laquelle le CCVS travaille étroitement.
Le CCVS contribue à valoriser l'ensemble des collections adhérentes en diffusant à leur sujet une information scientifique, notamment auprès du grand public. À l'instar de son homologue au Royaume-Uni, le National Council for Conservation of Plants and Gardens (NCCPG), il participe, d'une manière générale, à la protection et à l'enrichissement du patrimoine végétal de notre pays.